大多数激光扫描系统，如 B&HDCS-120、Zeiss LSM 系列（710、780、880、980）、Leica（SP5、SP8）、Nikon（A1、C1、C2）都使用激光束消隐。光束消隐可以阻止激光在回飞期间（线回飞和帧回飞）的发射，即不直接产生图像的期间。在许多基于激光扫描的 FLIM 案例中，光束消隐会导致 SPCM 软件显示可变的同步率。这令许多用户感到失望，但这通常是正确的行为。
在 Becker & Hickl DCS-120扫描系统上，光束黑化功能可在 GVD-120 控制面板上打开或关闭。默认情况下，光束黑化应该启用。
在Zeiss LSM上，光束遮蔽始终处于打开状态。在使用皮秒脉冲激光器进行 1p 激发的系统上，激光器会定期打开和关闭。如果激光关闭，激光也不会产生 SYNC 信号，因为它没有脉冲。因此，TCSPC 模块上的 SYNC 计数器有时会 “看到 “SYNC 信号（在常规成像期间），有时则 “看不到 “SYNC 信号（在飞返期间）。由于这种开/关过程，显示的 SYNC 速率低于激光器的实际重复速率。因此，光束变黑会导致显示出不同的 SYNC 速率。
例如：如果激光器的重复频率设置为 50 MHz，那么激光器在开启期间将每秒发射 5000 万个脉冲，而在关闭期间则不发射任何脉冲。同步计数器显示的同步率将低于 50 MHz（5e7）；在某些情况下，显示的同步率可能低至 25 MHz。
在使用飞秒激光进行 2p 激发的多光子系统中，例如 DCS-120 MP、蔡司 NLO LSM、Jenlab MPTflex 等。SYNC 速率是恒定的，通常约为 80 MHz (8e7)。在这些系统中，激光器不会关闭。如果存在光束消隐功能，通常是通过 AOM 或 Pockels 单元进行光束消隐。